まとめました
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主にv789以前のMikuMikuDance_x64 を Windows7 pro x64 で動作させたときの話です
書いてあることを実行する場合は最後まで読んでから自己責任で行ってください
複数モデルをD&Dで投入したときにMMDの落ちる現象が(少なくともわたしの環境では)
発生しなくなる、というだけのものです(22モデル同時まで確認)
v790以降で落る現象解決されたのかも~ (v791、v794も今のところ落ちてないです)
v789以前は今も落ちるのでわたしの環境が変化したのではない気がする
おまけでv790、v791でも発生していた「鏡音リン_act2.pmd」で落ちる現象にも効くようです
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初めに結論から、複数モデルの読み込みに強くしたい場合は

MikuMikuDance.exeの右クリックメニュー「プロパティ」にある「互換性」タブから
互換モードにチェックを入れ「Windows Vista」を選択する


これでダミーボーンを含めMMDに最初から添付されているモデルを
全部同時にドロップしても落ちなくなります

わたしの場合は、というだけで、元から落ちないという人もいるかもしれません
そんなときは気にしないでokだと思います

これでも落ちる、という人もいるかもしれません、それは知りません
そもそもv790以降で解決されてると思うのでそちらを使うべきだと思います

副産物的に「鏡音リン_act2.pmd」を読み込み、足を選択して↓キーを押すとMMDが
落ちてしまう現象にも効きます、(twitterにあったように表示枠を触る必要は実はないです
v790、v791で確認、これもv794以降のMMDでは既に対策がされています


以下詳細

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わたしは最近まで知らなかったのですが少なくとも2012/12/20版以降のMMDx64は
複数のモデルを選択して、開いてるMMDにD&Dすることで
一気に読み込むことが出来ます

一個ずつだとドロップ、「ok」、ドロップ、「ok」、の繰り返しになるところが
ドロップ、「ok」、「ok」、「ok」、となり楽です(カーソルの移動量もとても少ない)

ただし使用するモデルの説明はちゃんと読みましょう(重要)


モーション作者さんはわからないけど
モデル作者さんなら同じモデルの差分を並べて表示したい事、結構多いですよね

ただ、v789以前のMikuMikuDance_x64だと
初めて2モデル以上読み込んだときにエラーで止まってしまいます(多分)

そしておそらくエラーで止まったという表示のあと、このダイアログが表示されます
プログラム互換性アシスタント
こんなの(たまにエラーで落ちても一発では出ない)

このダイアログが表示されると互換性モードが自動で設定され
複数モデルのドロップに少し強くなります
このときレジストリの

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Compatibility Assistant\Persisted

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Layers

の二箇所に互換設定等が書き込まれます
互換性モード
こんな感じで(二つ登録されてるのはいつも使ってるMMDと新しく導入したMMDです)
これは複数ドロップ以外の原因でMMDが落ちてしまった場合も登録されることがあり
人によっては既に登録されているかもしれません


ただ、これもさらに多くドロップするとMMDが落ちてしまいます
わたしの場合、標準付属モデル全部の同時ドロップは無理でした
落ちてしまったとき自動でされる互換設定ではなく
任意で指定できるWindowsVistaに変えた方がドロップ耐性は高いようです

右クリックメニューから互換モードを選択している場合に書き込まれるのは

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Layers

です
互換性モード2
こっちがexeの右クリックプロパティから設定できる互換設定
WindowsVistaにしていると「VISTARTM」が書き込まれていると思いますが
そこの値を書き換える事で右クリックメニューで出ない互換設定にも出来るようです


わたしはレジストリに必要のない情報があるのが好きではないので
「CURRENT_USER>>Layers」以外は消しましたが

レジストリエディタを触らなくてもプロパティからVistaモードにするだけで
モデルの読み込みは何の問題もなく行えるようになるので
それが一番無難な方法だと思います

この場合レジストリは最大で上記三箇所に書き込まれますが
元々「Compatibility Assistant\Persisted」に書き込まれるのは動作モードに影響がなく
おそらく、エラーが発生した、あるいは互換モードを設定したというだけの情報で
動作にはLOCAL_MACHINE ではなく CURRENT_USER の Layers 情報が優先される
ようなので、モデルを複数選択でD&Dしても落ちる事はありません(今のところ)

一度MMDが落ちた後、複数モデルで落ちなくなった、という方は、自動で設定される
DISABLEUSERCALLBACKEXCEPTION で動いてるのだと思います
わたしの環境でもこの状態で複数モデルに強くなるのは確認しましたが、
おそらくこの状態だとさらに多くのモデルを同時に読み込んだ場合には落ちると思います

レジストリに何も書き込まれていない状態ではモデル二個以上を
D&Dして一個目のモデルをokした瞬間に落ちると思います(たぶん)
DISABLEUSERCALLBACKEXCEPTION の場合、ダメなときも
とりあえずダイアログは最後まで進むのでそこがちょっと違うみたいです


チェック時はレジストリの差分を取ったけど(約250MBの.reg差分とか初めて取った)
バイナリで一見わからないように書き込まれてたら検知出来てないです、あと

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\LowRegistry\Audio\PolicyConfig\PropertyStore

にも書き込まれます、これによってどうなるのかチェックしてないですが
MikuMikuMovingも同じ値で入ってたり、パス見てもあまり関係なさそうなのでスルーしてます
(多分個別の音量設定とかだと思う)


複数環境はないのでとりあえず自分で試せる分ではこんなところです